【1ボードPC】分散コンピューティング【コロナ】

早々にありがとうございます。

3B+の報告がなかったら私も3Bでやってみようとは思いませんでしたｗ
Debianは未経験なのでぜひ試してみたいですね。

>>8
795位なう

>>43
ぜひぜひ再挑戦してみてください。

いま3つ同時に仕事をこなしているのをみて、ちょっと感動していますｗ

>>109
うまいことミッションコンプリート出来るといいですね。
明日の帰宅後、私は強引に４スレッド稼働させる手法を応用して
仕事ゲットにチャレンジしてみます。

参加させていただきます(チームには未参加

二日前から大急ぎでRosetta@homeの準備して昨日無事に微力ながら運用開始してます

環境はラズパイ4(4GBメモリ) + ubuntu 19.10 64bit版
ケースはsmazaraの7層クリアケース+ヒートシンク+ファンを5Vで運用してます
現状の温度は以下のような感じで進めてます

echo “scale=3; `cat /sys/class/thermal/thermal_zone0/temp`/1000” | /usr/bin/bc
43.816

wimaxなのでちょっと冷や冷やしました
現状困ってることはないですが、何かあれば調べたり協力できることはありそうなのでちょこちょこ覗かせていただきます

>>146
時間の問題でしょうね
自分的にはオラクル社のすぐ上にいるなんて一瞬目を疑いましたがｗ

ドライブとは例えばなんですか？

80℃超えはKSYで買った
「Piケース OKdo 3ピース for 4B 透明」
です。
今はMiuzeiのファン付きケースですｗ

> 違うarmなSBC
おもしろいのがあったら私も導入したいですｗ

スワップ領域は2GB用意していたんですけどねぇ。
結局スワップは5MBぐらいしか使わなかったようです。
まあ仕事次第だとは思います。

4Bで動いているものを見てみると
COVID-19以外の仕事が重なるとメモリ不足で待機状態になっています。
今3Bでやってる仕事もCOVID-19ではないんですよね。

仕事の内容に依存するなのでコア数を元に戻してちょっと様子を見てみようと思います。

>>46
我々に今出来ること

1. 外出時はマスク着用厳守
2. 人体に害が無い濃度の次亜塩素酸ナトリウム水溶液(ハイターや100円ショップブリーチをうすめたので十分)で徹底除菌
目安は500mlペットボトルに対し最低小さじ2〜3杯
3. 不要不急の外出を極力控え、ラズパイでBOINCに勤しむ

定番プロキシサーバーsquidのキャラですよ。
好きすぎて先日公式サイトから壁紙拝借しちゃいましたｗ

Pi4はそんなに熱くなるのですね。3B+はオーバークロックしててもアーマーケース+5Aミニ扇風機で十分の様です。
吝嗇家なもので本スレで業者っぽい人に煽られても結局ポチらず旧型ザクですわｗｗｗ

コロナタスクは実メモリ２ギガは無いと殆ど回って来ませんね。
まあ旧型野郎はチームの些細なポイント稼ぎに勤しみますわｗ

ちなみに、このケースの上部にこの小型ファン

LittleFAN40U
http://timelynews.jp/news/792

を両面テープで固定させて風を送ったところ、フル稼働状態でも40度前後というところまで温度が下がってビビったw

>>85
私も目安は40-45℃ぐらいで、
50℃を超えたらコア数減らしたり時間を短くしています。

>>127
>>6 に追加ですね。

ぐはっ…
zshのほうが好きだからzshに変更しようとして
/usr/bin/zshではなくzshとだけ打ち込んでログイン出来なくなったorz

ubuntu 19.10で復旧するにはsingle userモードも使えないっぽいからやり直す羽目に(cmdline.txtがない上に作ってみたけど効かず)
後でやり直すとしてせっかくだから自分流にアレンジしたuser-data作って、初期セットアップを楽にしようと思います

後でうまく行ったら共有しますがmicro SDを使う場合はuser-dateを使うのがおすすめです
セットアップ初期にやっておきたいことを書いておくことでこちらでやることのらほとんどが自動化されます

AWSやGCPやdockerの知識を持っておられる方は活用しやすいと思います(既にやってる方いそうですが…

>>104
稀に来ますね
他の仕事abortしまくってると落ちて来る事があります

Linuxがまだ使い物にならなかった頃、BONIC的なモノが流行ってたんだけど、ラズパイで今再び流行るなら、実は使い道がないって事かもしれないよ。

>>76
どちらを編集しても同じファイルにアクセスしています。
が、↓こうなっていることが前提です。

pi@RP4B-5:‾ $ ls -l /etc/boinc-client/cc_config.xml /var/lib/boinc-client/cc_config.xml
-rw-rw-r– 1 boinc boinc 491 Apr 17 11:38 /etc/boinc-client/cc_config.xml
lrwxrwxrwx 1 root root 31 Apr 17 11:31 /var/lib/boinc-client/cc_config.xml -> /etc/boinc-client/cc_config.xml
pi@RP4B-5:‾ $

もし、/var/lib/〜から/etc/〜へのシンボリックリンクがなければ( -> 以降がなければ)
おかしな状態になっているかもしれませんので、boincを再インストールしたほうがいいかもしれませんね。
（そういうケースに出会ったことがないので推測ですが・・・）

>>40
タイトルに偽りありでした。
R@hに参加するところまでは書いてませんｗ

◆BOINCからプロジェクトへの参加手順

ここでは例として、Rosetta@homeプロジェクトへ参加する手順を挙げる。
Rosetta@homeプロジェクトでは、生体分子であるタンパク質の立体構造の予測や新しいタンパク質のデザインを取り扱っている。
これは、病気の薬物治療や診断に役立つ。このプロジェクトに参加すると最先端の医学研究に貢献することができる。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah/rah_graphics.php
最近では新型コロナウイルスの解析に取り組んでいる。

下記手順では、RaspbianのデスクトップにおいてGUIのBOINCマネージャーを用いているものとする。

1、BOINCマネージャーの起動
BOINCマネージャーは、System Tools内にショートカットがあるので起動する。

２、参加するプロジェクトの選択（Rosetta@homeに参加する方法）
プロジェクトの追加ボタンを押す。
プロジェクトの選択から、カテゴリーに”Biology and Medicine”を選び、プロジェクト名に、”Rosetta@home”を選ぶ。

３、Rosetta@homeのアカウントを作成
Emailアドレスと、パスワードを登録する。
ブラウザが起動して、Rosetta@homeのWEBページが開くのでアカウントに紐づける名前（公開される）を設定する。

４、チームへの参加を行う（任意）
チームへ参加するとRosetta@homeに対するチーム全体における処理貢献度を見ることができます。
処理能力などについてチームに所属している参加者の中で比較することができるので面白いです。

「【Raspberry Pi】ラズベリー・パイ part54【Arm】」スレに端を発したチームがあります。
名称は、rosetta@raspberrypi.linux.5ch です。このチームの稼働状況は次のページから確認できます。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_display.php?teamid=19963
参加手順を次に挙げます。軽い気持ちで参加してみてはどうでしょうか。

次レス（Rosettaプロジェクトのチームへの参加手順）

一番軽いプロジェクトってどれかな
p2で参加したいｗ

全然計算終わらないな‾って思ったら更新押してなくて動いてなかった事に5時間前に気づいた
さっき進捗が半分超えた!

ケチか倹約か？所変わればケチは褒め言葉とも。(笑)
やっぱりやりいかちゃんだった。かわヨですよね。
どこぞのペンギンがふてぶてしいので余計際立つ。

NanoPI NEO 2(512MB)で参戦。
これ小さいけどメモリも小さい。(´・ω・｀)
秋月の取扱の関係だけど無理をしてでも蟻からNEO 4を取るべきだったか。
NEO 4のRK3399とかキワキッレな感じが好き。
でもメモリ1GB…やはりROCK64とかのがｗ(ぉぃ

巨大ヒートシンクぱい君がやや落ち込んでいるので一度落として再配置云々。

父はアルツで、母はガンで…このプロジェクトはもっともっと頑張らねば。

>>106

必要RAMサイズの壁が気になったので、4B/2GBで試してみました。

メモリ不足の場合にサーバーから来るメッセージは以下の3パターンを確認しています。
Rosetta needs 1907.35 MB RAM but only xxx.xx MB is available for use.
Rosetta needs 1716.61 MB RAM but only xxx.xx MB is available for use.
Rosetta needs 858.31 MB RAM but only xxx.xx MB is available for use.
（他にもあるかもしれませんが私が見たのはこの３つです）

1GB機で試した時の経験からこれらの値より大きなmax memoryであれば仕事がもらえると思います。
850MBではもらえず、870MBではもらえました。
最初は空きメモリかと思ったのですが、空きメモリはもっと少なかったのでmax memoryではないかなと。
（max memoryはイベント・ログの最初とか設定し直したときに出ているサイズです。
　たぶんbusyとidleの大きな値のほうを見ていると思います。私はどちらも100%に設定していますので同じ値になります）

これまで動かしていた4B/2GBは、Ubuntuをインストールしていました。
max memoryは1848.20 MB。
素人には1907.35 MBまでの道のりは険しいので、Raspbian Buster Liteに入れ替えましたｗ
こちらは1908.70 MBで、ほんのわずかですがクリアしています。

早速Rosetta@Homeをプロジェクト追加すると・・・さくっとCOVID-19の仕事が連続でやってきました。。。
まぁ仕事がもらえたからといって仕事ができるかどうかは空きメモリ次第だと思うのですが、
とりあえず1つは動き始めまして、残り3つはメモリ不足で待機状態です。
ここまでくればたぶん大丈夫でしょう。と思いたいところですが最後に計算エラーが発生する場合もあるんですよね。。。

結果は明日の朝にでも。

4B/4GB4GBもあればスワップはいらないだろうと思ってたけど2日くらいでフリーズしてた
一昨日にスワップを8GBで設定したけどまだ大丈夫そう
linuxいじるのって初めてだけどいろいろ難しいね

確認しました。シンボリックですね。失礼しました。

すると残る違いは
boinccmd –read_cc_config
か
sudo systemctl restart boinc-client
かな？上はc_config.xmlを反映させるためとの説明でしたが、下のリスタートでも同じ気がする…。

うー、今回は一発で行ってしまって、先日までのあの苦労がなんだかわからない。orz
でも上手く行ったからいっかー(ノーテンキ

>>37
busterのPREVIEWのイメージがあったのでそれを使って3B+をセットアップしてみました。
apt upgradeして、スワップとWiFiの設定、
BOINC関係は3B用に書いた >>40 と同じような設定です。
必要最小限の設定しかしていませんがとりあえず仕事待ちの状態にはなりました。
しばらく様子見です。

>>18-19
例えば「高耐久のmicroSD」とか「低発熱のUSBメモリやSSD」、「ヒートシンクやファンはこんなの使ってるよ」みたいな話ですかね
もう少し拡大解釈してラズパイ3Bでの設定なんていうのもあったらどうかな、と

ゲーム系のwikiだとこういうのも結構載ってるのでどうかなーと思いました

でけえ！ガチな意気込みがひしひしと伝わって来た

コマンドライン方式で参加しようと思うのですが
物理的が書き出しが起こるのは
–dir で指定したディレクトリ以下と、メモリオーバーで起こるswap書き出し
の2点だけという理解であってますか？
その2点だけうまく回避すればｓｄカード寿命に影響ない？

続きが書き込めない… orz

>>151
すみません、無知なので教えてください。
クラスタでBOINC動かすと一件あたりの処理が一台でやるより早く終わるんでしょうか。それとも単に同時に動ける数が増えるだけ？
もし後者だとすると、ユーザーから見ると一台？に見えるんでしょうか。たとえばBOINC Managerで全部一括で表示されるとか？

使ってないアンドロイドスマホでも、BOINCでプロジェクトに参加しようとしたけど、
メモリーが2ギガバイト程度足りませんと言われてできなかったわ。

グーグルプレイから、BOINCアプリを容れて、
取得済みのRosettaプロジェクトのIDとパスを入力するくらいでメモリーさえ十分なら稼動させられそう。

現在715位
「前へ」をクリックするとハーバード大学チームやGitHubチーム、FreeBSDチーム等がいる様な序列
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/top_teams.php?sort_by=expavg_credit&offset=700

>>138
いろいろってなんだよって話ですがｗ

Rosetta@Home Japanチームのサイト
http://www.oruoru.jp/rosetta_japan.html
の冒頭より：
> Rostta@homeは、インターネットでつながったコンピューターを利用して、病気の治療法の発見に至る可能性のある、タンパク質の三次元構造を計算するプロジェクトです。
> コンピューターの空き時間を利用してRosetta@homeを実行する事によって、HIV・マラリア・がん・アルツハイマーなどの病気と闘う、新しいタンパク質を作り出そうとする研究者の手助けをする事が出来るのです。

だそうです。なのでコロナ以外の仕事もこなしておきたいですね。

「ゼロくらいから始めるrosseta@home参加」みたいなものがあっても微妙なのかな
自分がそうだったから記録は残そうかなとか思っても、ここに来る人的には無用なんだろうな(‘A`)_y‾

ウェブの「Rosetta@home についての好みの設定(プレファレンス)」に
「Target CPU run time」という項目があります。
ここで指定した時間「以上」の仕事を割り振ってくれるらしいので
「2 hours」に変更してみました。
昨日の朝その設定にしたのですが変わった様子もなく・・・
今朝起きたら推定4時間台とか2時間台の仕事がきていました。
設定が反映されたのかたまたまなのかわかりませんが。

簡易マニュアルを貼れなかったので、
こちらをご参照ください。

スレ説明の原稿となります。

https://pastebin.com/X0auC92f

>>92
有難うございます。とりあえずswapを4GBにしてみたので様子見します！

>>150
539位。
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/top_teams.php?sort_by=expavg_credit&offset=520

追い越しましたｗ
同好会みたいな感じなんでしょうかね。
めっちゃがんばってるのは2,3人みたいですがｗ

>>150
539位。
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/top_teams.php?sort_by=expavg_credit&offset=520

追い越しましたｗ
同好会みたいな感じなんでしょうかね。
めっちゃがんばってるのは2,3人みたいですがｗ

>>35
もし試されるならGUIは Windows Maker や twm くらい低リソースのものでないと厳しいですね。
(場合によってはそれらすらメモリ不足で制御不能になる)

どこかにビルドいらずのイメージもあるので探してみて下さい。
(出所は正当なのですが、申し訳ない事に勝手に載せていいかわからないのでリンクは貼れません)

『Raspberry Pi 3 Model BとRaspbian Buster LiteでRosetta@home』

●前提
メモリ節約のため、GUIは使いません。
Raspbian Buster Liteをインストールしてraspi-configで諸々の設定は済ませておいてください。

●Rosetta@home プレファレンス
ウェブで設定を変更して、軽めの仕事も割り振られるようにしておきます。

「あなたのアカウント」→「Rosetta@home についての好みの設定(プレファレンス)」→「プレファレンスを編集」
→「Target CPU run time (not selected defaults to 8 hours)」を「2 hours」に変更。
https://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project

おすすめではないけれど。。。
私はもうSDは消耗品だと割り切りました。

Rosettaを始める前からSETIとかEinsteinとかやってたんですが
SDカード延命のためにRAMディスク化とかswapなしとかの設定をしていたんですね。
でもRosettaだとメモリ不足でエラーが多発したので、その辺の設定はやめました。
特にメモリ不足というログはなかったのですが計算中にエラーが発生という報告ばかりになって。。。
(初代Model BでEinsteinを試した時はそんなログが出たのですが)
今は問題なく動いています。

あと、本体にヒートシンクとファンは必須ですね。
ケースよりラックのほうがいいと思いますがまだそこまではやっていません(夏場に向けて検討中)。
ちなみにヒートシンクとファンなしでケースに入れた状態だとどうなるかやってみたら
あっという間に80℃を超えましたｗ

明日の朝ですかね、なんて書きましたが、
設定をいろいろ変えている試している最中にふと気がつけばリストから消えていました。。。
計算エラーかと思ってウェブで確認したら「計算済、検証済み」だったので一安心です。

H/Wのおすすめ的なやつとかあったらうれしい．．．（ラズパイのドライブではまり中

それはそうと、なんか腹減ったなぁ

有線LANならuser-data書くことでうまく行くんでしょうけど
無線LANだからSSID認識するのに時間がかかってuser-dataがまともに動かず
諦めて一括セットアップshellをブログにあげてcurlで持ってきたら叩くだけという状態にしてます

トライアンドエラーでやっとこさか…(寝たい

ログインすらままならずｗｗｗｗ
rootもどうやらパスワードを変えたのか変えてないのか…
たぶん変えてないのでしょうね

555位！
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/top_teams.php?sort_by=expavg_credit&offset=540

意外と早くTOP 500入りが見えてきました。
・・・見えてますよね？

◆BOINCクライアントのインストールについて

〇各種Linuxへのインストール方法、並びにDockerイメージ、Linuxを含んだブータブルイメージを用いる方法について次のページに記載されている。
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Installing_BOINC#Linux

〇Raspberry Pi 3 or 4 へのインストール方法は、次のサイトが参考になる。
https://www.element14.com/community/thread/75254/l/set-your-processors-to-analyse-for-the-covid-19-virus

”ここに簡易マニュアルを貼る予定でしたけど、
エラーのため、簡易マニュアル貼れませんでした。攻撃コードとみなされてしまいました。”

次レス（プロジェクトへの参加手順）